La phase 1 du Life Marha (2018-2020) a essentiellement permis de développer les outils, réaliser les diagnostics et lancer les marchés.
La phase 2 en cours (2020-2021) devient plus opérationnelle. Elle doit permettre d'atteindre, dès la fin de l'année, des premiers résultats d'amélioration de l’état de santé des habitats marins au sein des sites Natura 2000.

L’année 2021 s’annonce riche en actions Marha en faveur de la préservation des habitats marins avec notamment :

Encourager la définition et la reconnaissance de zones de protections fortes (ZPF) dans les sites Natura 2000, notamment, en élaborant une note méthodologique pour aider les gestionnaires à déployer cette démarche. Dans ces zones, toutes les pressions significatives ou incompatibles avec la conservation des habitats marins sont supprimées.

Faciliter une signalisation pertinente et adaptée des zones de réglementation environnementale en accompagnant la publication d'une nouvelle circulaire dédiée qui modifie le référentiel nautique national. Un guide facilitant son application sera également produit à destination des services instructeurs et des gestionnaires d’aires marines protégées.

Réduire la pression du mouillage sur les herbiers en équipant plusieurs sites en mouillages écologiques (Ramatuelle, La Ciotat, Concarneau) et en préparant une ZMEL (zone de mouillages et d'équipements légers) destinée à la grande plaisance en Méditerranée pour accompagner la nouvelle règlementation.

Restaurer les bancs de maërl du Poulmic en rade de Brest par une campagne de retrait des macrodéchets. L’opération se poursuivra au sein de la zone marine réservée de l’école navale.
Restaurer les habitats impactés par des épaves en appuyant les services de l’État pour organiser leur retrait et en aidant les gestionnaires à s’inscrire dans le programme national piloté par l’APER, l'association pour la plaisance écoresponsable.

Réduire l’impact de la plaisance sur les habitats en sensibilisant les plaisanciers avec le déploiement de l’application Nav&Co sur l’ensemble du territoire national (dont un test sur la Guadeloupe pour initier le déploiement dans les outremers).

Évaluer l’état de conservation des habitats marins d’intérêt communautaire en poursuivant les travaux méthodologiques et en déployant  la première campagne d'évaluation pour les bancs de maerl, les herbiers à zostères et les champs de blocs. Un test comparatif des protocoles des herbiers de posidonie sera également mené.
Par ailleurs, le Golfe du Morbihan fera l’objet d’une évaluation expérimentale à l’échelle de l’ensemble de ses habitats.
Un observatoire des récifs profonds sera  également installé par l’Ifremer dans le canyon de Lampaul au large d’Ouessant pour mieux comprendre ces communautés et l'effet des paramètres environnementaux sur leur évolution.

Améliorer la gouvernance de plusieurs sites en appuyant la mise en place de nouvelles mesures. En rade de Brest, l’Office français de la biodiversité et Parc naturel régional d’Armorique travaille pour installer une gouvernance spécifique afin de protéger ses habitats marins particulièrement précieux.

Valoriser la qualité de la gestion des sites Natura 2000 en accompagnant plusieurs sites vers leur labellisation "Liste verte" des aires protégées de l'UICN.

Rédiger les documents d’objectifs de plusieurs sites en Atlantique qui seront prêts à être validés cette année. L’équipe Marha aura finalisé fin 2021 plus de 10 documents d’objectifs supplémentaires.

Organiser des formations à l’attention des gestionnaires, des professionnels et des services de l’État.

Mettre à disposition et diffuser les données sur les habitats benthiques en créant un système d’information dédié qui offrira la première carte nationale des habitats benthiques actualisée et dynamique.

Améliorer la prise en compte des habitats marins dans les activités maritimes en:
- formant les acteurs au référentiel technique (RT)sur les cultures marines;
- finalisant et diffusant, lors d’un colloque organisé en mai/juin, le RT éolien marin ;
- Finalisant le RT dragage immersion et formant les agents portuaires et les entreprises de dragage à son utilisation.

Assurer le financement des actions en faveur des habitats marins et de l’environnement en général en poursuivant l’appui à l’organisation des comités de financeurs en lien avec les Agences régionales de la biodiversité.

Impliquer les enfants dans la préservation des habitats marins en poursuivant le déploiement des aires marines éducatives et en produisant des outils spécifiques d’étude et de préservation aux habitats marins.

Engager les citoyens dans le suivi des habitats marins en lançant un programme coordonné de sciences participatives.

Faire découvrir les habitats marins au grand public en tenant un stand sur cette thématique au Congrès mondial de la nature de l'UICN.