Anciennement "Institut des milieux aquatiques"créé en 1992 sous statut associatif, Capena est une structure d’études, de conseils et d’assistance technique dans les secteurs des pêches maritimes, estuariennes, de l’aquaculture et de l’environnement aquatique. Capena est présidé par un élu du conseil régional d’Aquitaine.
Capena intervient essentiellement en France pour le compte de ses adhérents : collectivités territoriales, professionnels des secteurs d’activités énoncés précédemment, établissements publics et pour des opérateurs privés. Son équipe est constituée de personnels scientifiques de haut niveau (universitaires et ingénieurs halieutes).

Capena a participé à de nombreux programmes concernant la connaissance, la cartographie ou l’impact des activités sur les habitats d’intérêts communautaires intertidaux et subtidaux rocheux comme :

• Cartham (programme de connaissance sur les habitats marins piloté par l'AFB) dans les sites Natura 2000 de la côte basque (FR72000775, FR7200776, FR7200813 et FR7212002):
• l’identification des pressions et des menaces sur les sites Natura 2000 de la côte basque (projet piloté par l’Agglomération Sud Pays Basque);
• des programmes de cartographie d’habitats marins Interreg Espace Atlantique MESH Atlantic et Cartographie des habitats marins de la la Baie d’Hendaye-Fontarabie (projets pilotés par l'Ifremer);
• des programmes de suivis des habitats d’intérêts communautaires Récifs (1170) et Grottes sous-marines (8330) en zone subtidales de la côte basque;
• l’adaptation de l’indice Macroalgues subtidales sur la côte basque (projet piloté par l'Ifremer dans le cadre de la DCE);
• des suivis de la fréquentation des pêches à pied sur les habitats “champs de blocs” sur la côte basque (projet Life+ Pêche à pied de loisir).