Depuis 2013 la ville d’Agde est gestionnaire, du site Natura 2000 exclusivement marin « Posidonies du Cap d’Agde », étendu sur  6152 hectares. Elle dispose d’une équipe de gestion de cinq personnes, au sein de la direction du milieu marin de la ville. Quatre de ces agents sont impliqués dans la désignation de ce site N2000 depuis une quinzaine d’années et connaissent parfaitement son environnement naturel, économique et social.

Les principaux facteurs d’influence des habitats sur le site sont la pression estivale soutenue au droit immédiat de la plus grande station balnéaire littorale d’Europe (plaisance, pêche de loisirs, sports nautiques, plongée sous-marine,…), la pollution et la sédimentation.
A ce titre la commune met en œuvre toutes les actions relatives à la gestion de ce site Natura 2000, cadrées par le document d’objectifs du site depuis 2008 et par un Plan de gestion de la zone marine aux objectifs élargis. Elle  coordonne les aspects administratifs et financiers de cette gestion et assure régulièrement le montage de dossiers spécifiques aux sites Natura 2000 (Contrats Natura 2000 par exemple) ou à d’autres programmes et appels à projets. Elle engage les actions prévues dans le domaine de la gestion opérationnelle des projets du site en mer, de toutes les réalisations techniques et scientifiques relatives ainsi que dans celles de la sensibilisation des publics, en particulier dans la communication (médias, outils).
Elle entretient des relations étroites et privilégiées avec de très nombreux acteurs et usagers maritimes, présents dans la gouvernance du site (Comité de pilotage, groupes de travail,…).

La ville d’Agde, via son site Natura 2000 marin, est également très impliquée dans les réseaux de gestionnaires d’aires marines protégées tels que le Forum des AMP françaises ou le réseau méditerranéen MedPan dont elle est membre fondateur et administrateur.